Le Musée municipal, labellisée "Musée de France" est installé dans l'ancien hospice de la ville : l'Hospice Saint Roch.

Depuis 1995, l’apothicairerie et l’officine de l’ancien Hôtel-Dieu ont retrouvé leur emplacement d’origine et le jardin de plantes médicinales a été dessiné au centre de la cour.

L’apothicairerie fut fondée en 1646 par Jean Perrot, administrateur de l’Hôtel-Dieu, qui commanda le mobilier et les pots d’apothicaire. C’est lui encore qui engagea maître Maré, le premier et le seul apothicaire qui travailla à demeure pour l’hospice d’Issoudun.

L’apothicairerie se compose notamment de 379 pots en faïence de Nevers présentés avec son mobilier d’origine, de 31 boîtes en bois ou « silènes » richement décorées, dans lesquelles étaient conservées les drogues hydrophiles, les plantes séchées, racines et écorces. De nombreux mortiers, des flacons flacons de verre sont également présentés... Cet ensemble, un des plus complets de France, est représentatif de la médecine du XVIIème siècle. Il est complété par des collections d’instruments de chirurgie et de dentisterie.

La bibliothèque conserve de nombreux ouvrages de médecine et de chirurgie, dont de grands classiques comme le Matthiole, ou la pharmacopée universelle  de Lemery.

La visite de l'apothicairerie XVIIème siècle, se prolonge dans une pharmacie du XIXème siècle. Cela permet au visiteur de mieux saisir l’évolution des savoirs et des techniques pharmaceutiques. Loin d’être réservé au spécialiste, le parcours de l’apothicairerie et de la pharmacie, se révèle passionnant pour tous les publics.